اولین تفاوت بین کروکودیل و تمساح ، تفاوت بین راسته آنها می باشد که از راسته crocodilians می باشند. کروکودیل ها از خانواده crocodylidae می باشند در صورتیکه تمساح ها و کایمن ها از خانواده alligatoridae هستند.
تفاوتهای فیزیکی بهترین راه برای درک تفاوت بین این دو حیوان می باشد ، کروکودیل خیلی بزرگ ، باریک ، با پوزه ای به شکل V ، در صورتیکه تمساح ها دارای پوزه ای پهن و U شکل می باشند . پوزه پهن تمساح ها بسیار پرقدرت بوده و به راحتی میتواند شکار هایی همچون لاک پشت را گرفته و با پوزه خود پوشش شکار را خرد کنند . پوزه باریک کروکودیل ها اگرچه بسیار قدرتمند است ، ولی برای شکار لاکپشت ها مناسب نیست ولی شکار ماهی ها و پستانداران براحتی توسط کروکودیل ها صورت میگیرد.
دیگر تفاوت کروکودیل ها و تمساح ها در آرواره آنهاست . آرواره بالائی و پائینی کروکودیل تقریبا هم اندازه و هم پهناست ، بنابراین دندانها روی خط آرواره ای و هنگامی که دهان کروکودیل بسته است ، نمایان می باشد و در معرض دید قرار میگیرد . آنها همچنین دارای ۴ دندان بزرگ روی آرواره پائینی میباشند و هنگامیکه حیوان دهان خود را میبندد این دندانها در سوراخهایی روی آرواره بالائی فرو میروند (کمی عقبتر از سوراخهای بینی) .
تمساح ها از طرف دیگر دارای آرواره پهن بالائی هستند ، هنگامیکه حیوان دهان خود را میبندد دندانهای آرواره پائینی در حفره هایی روی آرواره بالائی فرو میرود و از دید مخفی میشود ، و تنها دندانهای آرواره بالائی نمایان میشوند . ۴ دندان بزرگ آرواره تحتانی در کروکودیل ها نمایان و در تمساح ها از دید پنهان می باشد .
از دیگر تفاوتهای فیزیکی در خصوص رنگ این حیوانات میباشد ، کروکودیل ها دارای رنگ آمیزی زیتونی روشن تا قهوه ای هستند در صورتیکه تمساح ها به رنگ سیاه می باشند . همچنین تمساح ها آبهای تازه را ترجیح میدهند در صورتیکه آبهای شور و گاهی زندگی در اقیانوس برای کروکودیل ها مناسب تر است .
تمساح ها و کروکودیل ها دارای غددی روی زبان خود میباشند ، کروکودیلها از این غدد برای دفع نمک اضافی استفاده میکنند . به نظر میآید که در تمساح ها این قابلیت از بین رفته و تحمل آبهای شور تا حدی برایشان مقدور می باشد . باور زیست شناسان بر این است که کروکودیل ها تا حدی از تبار اقیانوس میباشند .
کروکودیل ها و تمساح ها هر دو دارای مراکز حساس نقطه مانند روی آرواره بالائی و پائینی خود می باشند که کمی شبیه ته ریش جلوه میکند . این مراکز حساس حیوان را در برابر تغییرات فشار آب محافظت میکنند ، و گمان میرود که این امر برای مکان یابی شکار و به دام انداختن آن موثر باشد . این مراکز حساس " ارگانهای حساس پوستی ( ISOs ) " نامیده می شوند که تا قبل از این به " گیرنده های فشار پوستی ( DPRs ) " مشهور بودند . علاوه بر اینکه هردو حیوان دارای این ارگانها روی آرواره خود هستند ، در کروکودیل سرتاسر بدن نیز توسط ارگانهای حساس پوستی پوشیده شده . برخی از محققین بر این باور هستند که " گیرنده های فشار پوستی ( DPRs ) " در کروکودیل ها با محافظت در برابر میزان شوری در ارتباط می باشد .
عموما تمساح ها در مقایسه با کروکودیل های وحشی و پرخاشگر آبهای شور رام تر و مطیع تر می باشند ، و بیشتر از کروکودیل ها نیز رشد میکنند .
البته در همه گونه ها استثناء وجود دارد و این قاعده کلی همیشه قابل استناد نمی باشد . به عنوان مثال ، میانگین رشد تمساح ها در حدود ۱۴فوت (۳ الی ۴ متر) می باشد ، در صورتیکه کروکودیل ها میتوانند تا ۱۹فوت (۵ تا ۸ متر) حتی بیشتر نیز رشد کنند . این گفته در یک گونه کروکودیل به نام " کوتوله آفریقایی " صدق نمیکند و این گونه تا ۵فوت (۱.۵ متر) رشد میکند . همچنین ماگر هندی یک نوع کروکودیل با پوزه ای به شکل U می باشد ، در صورتیکه پوزه کروکودیل ها V شکل می باشد .
در بحث لانه سازی ، کروکودیل ها تخم های خود را زیر گل و لای یا ماسه در نزدیکی آبهای راکد یا مردابها دفن میکنند ، در صورتیکه تمساح ها در نزدیکی آبهای تازه و جاری و روی پشته هایی از گیاهان لانه سازی میکنند .
کروکودیل های ایالات متحده امریکا تنها در جنوب فلوریدا پیدا می شوند ، اگرچه در بخشهایی از جزایر رودخانه کارائیب ، آمریکای مرکزی و آفریقای جنوبی نیز دیده شده اند . تمساح ها در نواحی جنوب شرقی ایالات متحده آمریکا زندگی میکنند ، و نکته جالب توجه اینکه جنوب فلو ریدا تنها مکان شناخته شده در دنیا میباشد که تمساح ها و کروکودیل ها با هم و به صورت اجتماعی در یک منطقه زندگی میکنند .